南京市住房和城乡建设委员会

南京市公安局

南京市国土资源局

南京市物价局

南京市工商行政管理局

南京市质量技术监督局

南京市食品药品监督管理局

南京市安全生产监督管理局

南京市环境保护局

南京市规划局

南京市旅游委员会

南京市交通运输局

南京市水利局

南京市商务局

南京市卫生局

南京市农业委员会\市林业局

南京市人民防空办公室\市民防局

南京市科学技术委员会\市知识产权局

南京市文化广电新闻出版局\市文物局、市版权局

南京市城市管理局\市城市管理行政执法局

南京市发改委

南京市经信委委

南京市教育局委

南京市民政局

南京市司法局

南京市财政局

南京市人社局

南京市审计局

南京市统计局

南京市投促委

南京市金融办

南京市体育局

南京市人口计生委

南京市民宗局

南京市侨办

南京市保密局

南京市园林局

南京市公积金中心

南京市档案局

南京地铁集团公司

南京市残联

南京市爱卫办

南京市地税局

南京市烟草专卖局

南京市盐务局

南京市气象局

南京高新技术产业开发区管理委员会

南京化学工业园区管理委员会

南京经济技术开发区管理委员会

南京江宁经济技术开发区管理委员会

中国（南京）软件谷管理委员会

新加坡?南京生态科技岛管理委员会

南京河西新城区开发建设指挥部

南京仙林大学城管理委员会

南京麒麟科技创新园开发建设指挥部

南京南部新城建设指挥部

南京浦口新城建设指挥部

中山陵园管理局

南京市雨花台烈士陵园管理局

南京市玄武湖管理处

南京市火车站地区综合管理办公室

南京市夫子庙秦淮风光带管理办公室

南京老山景区管理办公室

南京市铁路南京南站地区综合管理办公室

南京汤山旅游度假区管理委员会（暂定名）